La vegetación sumergida en el Mar Menor se ha originado, lógicamente, a partir de las especies presentes en el litoral Mediterráneo.
Una de las características más peculiares del Mar Menor es la vegetación que se asienta sobre los substratos blandos, fangos y arenas. La mayor parte de ellos están cubiertos por praderas de clorofíceas, fanerógamas adaptadas a la vida marina. No se conocen otras lagunas donde las praderas formadas por estas especies sean tan importantes.
Las finas arenas conchíferas existentes en el fondo de la laguna no desarrollan grandes masas de vegetación pero encierran un poblamiento muy peculiar y característico del Mar Menor. La especie más conocida es, sin duda, el langostino del Mar Menor (Penai Kerathurus), típico habitante de los fondos arenosos de La Manga y objeto de una importante pesquería debido a su alto valor comercial.
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