Die Unterwasserflora im Mar Menor stammt logischerweise von den an den Mittelmeerküsten beheimateten Arten ab.
Eine erwähnenswerte Besonderheit des Mar Menor ist die Pflanzenwelt, die auf weichen Substraten gedeiht wie Schlamm und Sand. Die meisten dieser Substrate sind mit Chlorophyzeen-Wiesen bedeckt, die sich dem Leben unter Wasser angepasst haben. Es gibt keinen Nachweis über andere Lagunen, in denen ähnlich bedeutende Unterwasserwiesen dieser Gattungen vorhanden wären.
Der feine Muschelsand, der den Lagunenboden bedeckt, ist für massive Florabildung weniger geeignet, schafft jedoch die Voraussetzung für höchst eigenwillige Lebewesen im Mar Menor. Am bekanntesten ist zweifellos der hier beheimatete Langschwanzkrebs (Penai Kerathurus), ein typischer Bewohner des sandigen Meerbodens vor La Manga, der wegen seines hohen kommerziellen Stellenwertes in der Fischerei sehr gefragt ist.
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